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干細胞實驗室應至少能夠執行六項任務：無菌處理、孵化、制備、清洗、滅菌、存儲。
一.無菌操作區
（1）無菌操作區域：無菌操作區域在干細胞實驗室中負責細胞培養和其他無菌操作區域，與外界隔離，不能穿行或受其他干擾。
理想的無菌操作室應分為三個部分：
a）更衣室——更換衣服、鞋子，穿戴帽子和面具。
b）緩沖室 -——位于更衣室和手術室之間，以確保手術室內的無菌環境，并放置恒溫培養箱和一些必要的小器械。
c）無菌手術室——于無菌處理、細胞培養。房間大小應適當，頂部不宜過高（不超過2.5m），以確保紫外線的有效殺菌 效果；墻壁光滑，方便清潔和消毒。工作臺不應靠墻放置。臺面要平滑壓塑作表面，涂漆成白色或灰色，以便于觀 察解剖結構和酚紅。
（2）凈化工作臺：操作簡單，安裝方便，占用空間小，凈化效果好。在一實驗室中主要使用的兩種的凈化工作臺：
a）側流或垂直式
b）外流或水平層流式。
二.孵化區
盡管該區域對無菌的要求并不比無菌區域嚴格，但它們仍然需要清潔無塵，因此它們也應放置在干擾少的區域。孵育可以在培養箱中或控制溫度的溫室中進行，相比之下溫室是費用較高，通常實驗室多采用培養箱孵育。
三.制備區
在該區域中，主要進行培養液，有關培養用液等實驗用品的制備。
四.存儲區域
主要存放各種冰箱、干燥箱、液氮罐、無菌培養液、培養瓶等，此環境還需要清潔無塵。
五.清潔和消毒區域
清潔和消毒區域應與其他區域分開，主要用于清潔所有細胞培養容器、準備、消毒及三蒸水制造等。
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